有效

基于差分的向量化并行序列到图比对方法、装置和设备

崔英博、王清哲、唐滔、黄春、彭林、张鹏、方建滨、左克、李宝峰、邬会军
中国人民解放军国防科技大学

摘要

本申请涉及一种基于差分的向量化并行序列到图比对方法、装置和设备,所述方法包括:根据基因组图和测序序列,构建动态规划打分矩阵:定义行差分矩阵和列差分矩阵;根据行差分矩阵和列差分矩阵的定义设置的中间变量,推导行差分矩阵和列差分矩阵之间的递推关系式;采用行差分矩阵和列差分矩阵之间的递推关系式计算出行差分矩阵和列差分矩阵每个单元格值;根据行差分矩阵的定义和行差分矩阵,计算动态规划打分矩阵每个单元格的得分。本方法提出基于差分的比对打分递推公式,将对单元格得分的直接计算转化为对单元格之间差值的计算,将向量单通道的位数始终控制在8位,从而提高向量化的并行度,进一步提升序列到图比对的性能。