基于局部窗口的序列比对方法、装置、设备及存储介质

本发明涉及一种基于局部窗口的序列比对方法、装置、设备及存储介质。所述方法包括：构建参考基因组的窗口索引表。截取参考基因组的读段中部序列作为种子区域，根据种子区域获取种子k‑mer序列。根据种子k‑mer序列与窗口索引表中窗口k‑mer的匹配，得到窗口k‑mer的命中数量。根据命中数量确定窗口局部区域，在窗口局部区域内建立局部索引表。通过局部索引表查询目标基因组读段生成的连续重叠的目标k‑mer，得到目标读段序列位置，根据目标读段序列位置构建命中索引表。根据命中索引表获取目标基因组与参考基因组的序列比对结果。采用本方法在复杂区域或高变异区域，能够提高基因组序列比对过程的效率和准确性。