一种生产5-碳化合物或其聚合物的方法

1.一种生产5-碳化合物的重组菌，其特征在于，所述的重组菌为发酵产生PHA的盐单胞菌，所述的重组菌的基因组中缺失 gabD 2 和 gabD 3 ，所述的重组菌的基因组中包含5-碳化合物的合成基因，所述5-碳化合物的合成基因为A）L-赖氨酸单氧酶编码基因和5-氨基戊酰胺酶编码基因；和/或，B）乙醇脱氢酶编码基因，所述的5-碳化合物包括5-氨基戊酸或5-羟基戊酸，其中，所述的L-赖氨酸单氧酶的氨基酸序列包括SEQ ID NO：1，所述的5-氨基戊酰胺酶的氨基酸序列包括SEQ ID NO：2，所述的乙醇脱氢酶的氨基酸序列包括SEQ ID NO：3。 2.根据权利要求1所述的重组菌，其特征在于，所述的盐单胞菌包括 Halomonas bluephagenesis 、 Halomonas campaniensis 或 Halomonas aydingkolgenesis 。 3.根据权利要求1所述的重组菌，其特征在于，所述的重组菌缺失 gabT 1 和/或 gabT 2 。 4.根据权利要求1所述的重组菌，其特征在于，所述的重组菌包含L-赖氨酸至5氨基戊酸途径；所述的重组菌包括：A）缺失 gabD 2 和 gabD 3 ，且，所述5-碳化合物的合成基因包含L-赖氨酸单氧酶编码基因和5-氨基戊酰胺酶编码基因；或，B）缺失 gabD 2 、 gabD 3 、 gabT 1 和 gabT 2 ，且，所述5-碳化合物的合成基因包含L-赖氨酸单氧酶编码基因和5-氨基戊酰胺酶编码基因。 5.根据权利要求1所述的重组菌，其特征在于，所述的重组菌包含5-氨基戊酸至5-羟基戊酸途径，所述的重组菌包括缺失 gabD 2 和 gabD 3 ，且，所述5-碳化合物的合成基因包含乙醇脱氢酶编码基因。 6.根据权利要求1所述的重组菌，其特征在于，所述的重组菌包含L-赖氨酸至5羟基戊酸途径；所述的重组菌包括缺失 gabD 2 和 gabD 3 ，且，所述5-碳化合物的合成基因包含L-赖氨酸单氧酶编码基因、5-氨基戊酰胺酶编码基因和乙醇脱氢酶编码基因。 7.根据权利要求1-6任一所述的重组菌，其特征在于，所述的 L-赖氨酸单氧酶编码基因和5-氨基戊酰胺酶编码基因来源于恶臭假单胞菌（ Pseudomonas putida ）。 8.根据权利要求1-6任一所述的重组菌，其特征在于，所述的乙醇脱氢酶编码基因来源于盐单胞菌（ Halomonas ）或大肠杆菌（ Escherichia coli ）。 9.根据权利要求1所述的重组菌，其特征在于，所述的5-碳化合物的合成基因由启动子调控表达，所述的启动子为组成型和/或诱导型。 10.根据权利要求9所述的重组菌，其特征在于，所述的组成型启动子包括 P porin 、 P porin29 、P porin88 、P porin221 、P porin194 、P porin251 、P porin278 、P porin68 、P porin42 、P porin58 、P porin226 、P porin183 、 P porin140 或 P porin141 ；所述的诱导型启动子包括P tac 启动子、P lux 启动子或P lac 启动子，调控所述诱导型启动子的诱导剂包括IPTG或者AHL。 11.一种生产包含5-碳化合物单体的聚合物的重组菌，其特征在于，所述的重组菌为发酵产生PHA的盐单胞菌，所述的重组菌的基因组包括PHA合成酶编码基因和5-羟基戊酸辅酶A转移酶编码基因，所述的5-碳化合物单体的聚合物包括聚3-羟基丁酸-5-羟基戊酸共聚酯，其中，所述的PHA合成酶的氨基酸序列包括SEQ ID NO：4，所述的5-羟基戊酸辅酶A转移酶的氨基酸序列包括SEQ ID NO：5。 12.根据权利要求11所述的重组菌，其特征在于，所述的盐单胞菌包括 Halomonas bluephagenesis 、 Halomonas campaniensis 或 Halomonas aydingkolgenesis 。 13.根据权利要求11所述的重组菌，其特征在于，所述的PHA合成酶编码基因来源于豚鼠气单胞菌FA440（ Aeromonas caviae FA440）或富养罗尔斯通氏菌（ Ralstonia eutropha ）。 14.根据权利要求11所述的重组菌，其特征在于，所述的5-羟基戊酸辅酶A转移酶编码基因来源于大肠杆菌（ Escherichia coli） 。 15.根据权利要求11所述的重组菌，其特征在于，所述的重组菌为权利要求1-10任一所述的重组菌的基础上进一步导入PHA合成酶编码基因和5-羟基戊酸辅酶A转移酶编码基因。 16.根据权利要求11所述的重组菌，其特征在于，所述的重组菌包括L-赖氨酸的底物至包含5-羟基戊酸单体的PHA途径，所述的重组菌为权利要求1-3或6-10任一所述的重组菌的基础上进一步导入PHA合成酶编码基因和5-羟基戊酸辅酶A转移酶编码基因。 17.根据权利要求11所述的重组菌，其特征在于，所述的重组菌包括5-氨基戊酸的底物至包含5-羟基戊酸单体的PHA途径，所述的重组菌为权利要求1-3、5或7-10任一所述的重组菌的基础上进一步导入PHA合成酶编码基因和5-羟基戊酸辅酶A转移酶编码基因。 18.根据权利要求16或17所述的重组菌，其特征在于，所述的重组菌包括进一步导入L-赖氨酸单氧酶编码基因和5-氨基戊酰胺酶编码基因。 19.一种生产5-碳化合物或包含5-碳化合物单体的聚合物的方法，其特征在于，所述的方法包括培养权利要求1-18任一所述的重组菌，所述的5-碳化合物包括5-氨基戊酸或5-羟基戊酸，所述的5-碳化合物单体的聚合物包括聚3-羟基丁酸-5-羟基戊酸共聚酯。 20.根据权利要求19所述的方法，其特征在于，所述培养使用的培养基中包含碳源和/或氮源。 21.根据权利要求20所述的方法，其特征在于，所述的碳源包括葡萄糖或能够分解为葡萄糖的糖、脂肪或蛋白质；或者，L-赖氨酸或能够分解为L-赖氨酸的蛋白质。 22.根据权利要求20所述的方法，其特征在于，所述的氮源包含无机氮源和/或有机氮源；所述的无机氮源包括硫酸铵、硝酸盐、氨水或尿素的一种或两种以上的组合；所述的有机氮源包括黄豆饼粉、花生饼粉、棉子饼粉、玉米浆、蛋白胨、酵母提取物或鱼粉的一种或两种以上的组合。 23.根据权利要求20所述的方法，其特征在于，所述的培养基包括尿素和/或酵母提取物，培养基中尿素浓度为0.5 g/L-2 g/L，酵母提取物浓度为0.5 g/L-2 g/L。 24.一种权利要求1-18任一所述的重组菌或权利要求19-23任一所述的方法在制备可降解的生物新材料或药物中的应用。