利用三代测序平台（PacBio RS II）进行多倍体中基因等位变异挖掘的方法

1.一种检测多倍体中基因等位变异的方法，包括如下步骤：1）根据待测多倍体基因的参考序列设计其保守引物；所述引物对扩增的PCR产物的长度为4-6 kb，且此区段包含多个外显子和内含子；在正反向引物的5'前端都加上不同的Barcode，所述的Barcode序列长度为8-12 bp的Barcode序列，不同Barcode组合的正反向引物来识别不同的材料；2）选择不同材料的基因组DNA和相应的引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；3）对步骤2）得到的PCR产物进行定量，对来自不同材料不同基因的PCR产物进行等量混合；4）对步骤3）的混合物进行纯化后，得到的混合产物文库可直接用于测序；5）对步骤4）得到的文库进行三代测序，从而得到不同材料、多个基因中同时含有相似性较高的不同拷贝的序列信息；6）对步骤5）得到的所有序列信息进行多重比对从而达到等位变异筛选的目的；其中，所述待测多倍体基因为六倍体小麦中A、B和D基因组序列。 2.如权利要求1所述的方法，其特征在于：第3）步所述的定量采用琼脂糖凝胶电泳仪或Fragment analyzer仪进行。 3.如权利要求1所述的方法，其特征在于：第4）步所述的纯化是磁珠法。 4.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述三代测序是采用PacBio RS II测序平台。 5.如权利要求1所述的方法，其特征在于：所述多倍体为小麦。 6.如权利要求5所述的方法，其特征在于：所述基因为29个淀粉合成相关基因，因而所述保守引物为分别扩增29个淀粉合成相关基因的A、B和D基因组的保守引物。 7.如权利要求1至6任一项所述的方法在筛选多倍体中高相似性基因等位变异的应用。 8.如权利要求1至6任一项所述的方法在序列相似性较高的基因家族基因序列的多态性分析中的应用。