转录组制备关键技术

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生物医药
医药健康
基因工程
技术领域:生物医药
榜单金额:80 万
合作方式:技术服务
发布日期:20241231
截止日期:-
需求发布单位: 江苏康为世纪生物科技股份有限公司
关键词: 转录组测序  珍惜样本  低丰度样本  高通量测序  RNA-Seq  链特异性  低起始量  简便操作 

需求的背景和应用场景

随着第二代测序技术的快速发展,其在转录组测序方面的应用日益广泛,成为解决生物学问题的重要手段。转录组作为连接基因组与生物功能的纽带,其研究对于深入理解基因表达调控、疾病发生机制及药物研发等方面具有重要意义。相较于全基因组测序,转录组测序因不包含内含子及其他非编码序列,而具有更高的性价比。然而,当前的转录组建库技术仍面临诸多挑战,如高通量测序技术对样品起始量要求较高、标准RNA-Seq技术无法提供序列转录方向信息、文库构建过程繁琐且时间长等。这些问题限制了转录组测序技术在珍贵样本、低丰度样本及深入研究转录本结构和功能方面的应用。因此,迫切需要开发一种新型转录组制备关键技术,以克服现有技术的局限,推动转录组测序技术的进一步发展和应用。

要解决的关键技术问题

本技术需求旨在解决以下关键技术问题:

  1. 低起始投入量兼容:开发能够兼容更低起始投入量(如100ng total RNA)的转录组建库技术,以满足珍贵样本或低丰度样本的测序需求。
  2. 链特异性与非链特异性兼容:构建一种能够同时兼容链特异性与非链特异性转录组建库的技术,以提供更全面的转录组信息,包括转录本的方向和数量,以及基因的结构。
  3. 操作简便化:优化文库构建流程,实现链特异与非链特异建库只需一个试剂即可区分,并将二链合成和末端修复(钝化、5'磷酸化、3'加A尾)合并为一步,以缩短建库时间,提高操作便捷性。

效果要求

该技术需求的实现将带来以下效益和竞争优势:

  1. 提高测序效率:通过降低样品起始量要求和简化文库构建流程,显著提高转录组测序的效率,降低测序成本。
  2. 增强数据质量:兼容链特异性与非链特异性转录组建库,提供更准确、全面的转录组信息,有助于深入解析基因表达调控机制。
  3. 拓展应用范围:使转录组测序技术更适用于珍贵样本、低丰度样本及复杂生物系统的研究,推动生物医药领域的发展和创新。
  4. 创新性:该技术需求提出的低起始投入量、链特异性与非链特异性兼容及操作简便化的转录组制备关键技术,将填补当前技术空白,引领转录组测序技术的新一轮革新。

随着第二代测序技术的迅猛发展,其高通量、快速、低成本的特点成为越来越多解决生物学问题时的首选,尤其在转录组测序方面更显示出极大的潜力。转录组是指特定生物体在某种状态下所有基因转录产物的总和,转录组研究是功能基因组研究的一项重要内容。转录组是连接基因组遗传信息与生物功能(蛋白质组)的必然纽带,同时相对于真核生物全基因组测序来说,转录组测序得到的序列不含有内含子及其它非编码序列,因此转录组测序有着无可比拟的高性价比优势。测序技术的不断进步,对转录组开展更为深入的测序工作,能够发现更多、更可靠的转录子,然而当前转录组建库仍然面临很多的挑战。 (1)目前的高通量测序技术大都需要较高的样品起始量,对于珍惜样本不友好或低丰度样本文库质量差,测序数据产出低; (2)同时标准的RNA-Seq技术不能提供序列转录的方向信息,测序后的数据分析不可确定转录本是来源于基因组的正链或负链,不利于统计转录本的数量和确定基因的结构,发现更多的反义转录本。 (3)在文库构建过程中,操作繁琐,建库时间长。所以迫切需要一种可以兼容更低起始投入量、操作简便且同时兼容链特异与非链特异转录组的建库技术。1)廉容低起始投入量(100ng total RNA);2)兼容链特异性与链特异性转录组建库;3)操作作更简便:链特异与非链特异建库只用一个试剂即可区分。二链合成和末端修复(钝化、5'磷酸化、3'加A尾)合并为一步。

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