广东省科学院动物研究所建立基于全基因组测序的猪品种精准鉴定技术

   近日，广东省科学院动物研究所华南动物物种环境损害司法鉴定中心联合中国农业大学胡晓湘教授团队，成功建立基于全基因组二代测序的猪品种精准鉴定技术。该技术可对二元猪、三元猪及纯种猪进行快速、准确的品种检测与血统成分分析，为生猪养殖、屠宰加工、品牌猪肉溯源及市场秩序规范提供坚实技术支撑。

当前生猪消费与流通市场中，三元商品猪生长性能好、肉品品质佳，而市场价格较高；二元猪则主要用作种用母猪，其商品猪肉品质与价格均低于三元猪。然而，部分商户将二元猪肉冒充三元猪肉销售，通过以次充好谋取不正当利益，严重扰乱市场秩序，损害消费者与正规生产经营主体的合法权益。

依靠传统外观、肉质等经验判断，难以准确区分二元猪与三元猪，给企业品控、品牌保护及市场监管带来诸多困难。针对这一行业突出问题，研究团队采用全基因组测序技术，利用高密度SNP分子标记，精准解析样本遗传背景，能够明确区分二元猪与三元猪，准确判定品种类型并量化血统构成，从基因层面实现“科学鉴定、一测便知”，让以次充好行为无处遁形。

目前，该检测技术已完成多批次样本验证，检测结果稳定可靠、数据清晰直观。实际检测数据显示，样本测序质量与比对结果均满足高精度鉴定要求，部分数据如下：

表 1 样本测序与比对质量数据

SampleID	Total_reads	Mapped_reads	Mapped_ratio(%)	Mapped_ bases(G)	Coverage_ratio	Coverage_ depth
Sample1	367482478	366183389	99.65	36.2064	0.9811	14.7509
Sample2	416461216	415028543	99.66	40.9906	0.9819	16.686
Sample3	454948206	453396243	99.66	44.791	0.9824	18.224
Sample4	365490485	364061289	99.61	35.8964	0.9812	14.6228
Sample5	347555713	346367416	99.66	34.2526	0.9807	13.9595

注：样本数据质量优异，比对率＞99%，为精准鉴定提供可靠保障。

在高质量数据支撑下，通过品种构成分析与遗传聚类分析，可直观、准确地判定样本品种归属：

图 1 猪品种构成比例分析

注：每个直方柱代表 1 个样本，柱子的颜色及其比例代表该样本中不同遗传背景及其比例。可精准显示长白、大白、杜洛克血统占比，清晰判定二元猪、三元猪及纯种猪。

基于全基因组变异信息开展聚类分析，能够清晰区分不同品种的遗传分化特征，样本所属品种类型判定结果明确、客观可靠。

图 2 品种聚类分析

此项技术可面向种猪场、养殖企业、屠宰加工企业、市场监管部门等机构提供检测服务，主要应用于：

    · 二元猪、三元猪品种鉴定与类型区分